Les accidents sont provoqués par :

la souche vaccinale elle-même (accident infectieux ou allergique),

une contamination accidentelle ou par insuffisance de purification de la souche vaccinale,

la reprise de virulence d’un vaccin vivant (cas du vaccin polio oral et parfois du BCG),

une allergie ou une intoxication provoquées par l’un des composants du vaccin (conservateurs, antibiotiques, adjuvants de l’immunité) ou aux résidus du processus de fabrication (résidus du milieu de culture, des produits d’inactivation ou des antiseptiques ou antibiotiques utilisés pendant la fabrication),

un mauvais procédé d’injection ou un mauvais dosage,

le non-respect des contre-indications,

l’utilisation de vaccins multiples, potentialisant les risques d’effets secondaires de chaque vaccin.

Les différents types d’effets:

réactions locales ou générales après vaccination : douleur, rougeur ou tuméfaction au point d’injection, fièvre, courbatures, malaises. Ces symptômes sont assez habituels. Leur fréquence et leur intensité varient pour chaque vaccin . Ils doivent disparaître en deux ou trois jours,

effets indésirables mineurs : éruptions, douleurs articulaires, crises d’asthme ou d’eczéma chez des sujets prédisposés,

effets indésirables graves :
- choc anaphylactique (réaction allergique grave dans les 15 minutes qui suivent l’inoculation), choc retardé (risque de mort subite du nourrisson),
- accidents nerveux : convulsions, encéphalite, myélite, polyradiculonévrite (syndrome de Guillain-Barré), paralysies, sclérose en plaques, etc.
- accident rénal grave,
- accidents pouvant se déclencher peu après la vaccination, ou à distance de la vaccination : maladie auto-immune (diabète, lupus, périartérite noueuse, polyarthrite rhumatoïde, etc.), cancer, etc.